Kurikulum Prodi S3 Ilmu Pertanian dirancang sesuai dengan Standar Nasional Pendidikan Tinggi dengan 2 bidang minat utama yaitu agribisnis dan agroekoteknologi. Secara spesifik, kurikulum telah disesuaikan dengan kondisi terkini bidang pertanian baik itu potensi, permasalahan dan juga kompetensi tenaga pengajar.
Kurikulum dirancang sebanyak 42 SKS yang diprogramkan dapat ditempuh selama 6 semester (3 tahun). Perkuliahan tatap muka direncanakan berlangsung selama 2 semester (1 tahun) dengan jumlah SKS sebanyak 15-20 (6-8 mata kuliah) yang terdiri dari mata kuliah wajib prodi, wajib dan pilihan bidang minat. Setelah itu pembelajaran difokuskan pada persiapan dan pelaksanaan penelitian dan diseminasi hasilnya pada jurnal bereputasi dan seminar nasional atau internasional.
